产品介绍
Ingenuity Pathway Analysis (IPA)是一款基于云计算的图形化界面生物信息学软件，适用于组学数据和SNP微阵列等数据的分析、整合和理解。IPA还适用于生成基因、化合物的各类小规模实验的数据分析。IPA从生物学通路角度，助您挖掘实验数据中隐藏的生物学意义，揭秘实验数据价值。
产品功能
转录组学
适用于分析几乎所有的转录组学相关的问题和应用
代谢组学
为代谢物数据分析细胞生理学和新陈代谢提供关键性内容
蛋白质组学
全面性分析蛋白质组学数据，深度理解蛋白及与其相关的生物学过程
毒理基因组学
对候选化合物毒性和安全性进行评估
药物重新定位
比较已批准药物表达谱和病变组织表达谱，可能会发现这些药物的新作用
发现靶标
在病理条件下被激活的基因，是探索疾病治疗的可能性靶标
microRNA 研究
鉴定microRNA 研究中生物性最相关的靶标
发现生物标志物
鉴定实验数据集中最具潜力和最相关的生物标志物候选物
IPA支持的物种
1）人类、大鼠和小鼠
2）其他可以找到人类、大鼠和小鼠的直系同源基因的物种，如：拟南芥（Arabidopsis thaliana）、斑马鱼（ Danio rerio ）、果蝇（Drosophila melanogaster）等
产品优势
Ingenuity Knowledge Base是IPA核心的内容，是一个专业的生物学相互作用和功能注释的数据库，收集了蛋白质、基因、化合物、细胞、组织、药物和疾病之间的数百万个关系模型。这些关系模型或Finding包含了大量的详细信息，可以链接到原始文献。这些内容由数百位博士科学家整理并经过多轮审阅，保证了信息的准确性。Knowledge Base内容被整理为本体论（ontology），通过内容信息、应用计算和异名来保证查询结果一致性。因此，Ingenuity Knowledge Base具有的独特优势，是其他数据库不可比拟的。
Ingenuity Knowledge Base信息来源和内容组成图示
IPA被引用次数
IPA 优越的性能受到了大量用户的青睐，被生命科学领域研究学者广泛使用，助力科学研究成果。
2003年~2015年IPA®被引用累积次数
分析结果示例
经典通路
尼罗河病毒感染巨噬细胞转录组测序数据，参与胞质模式识别受体通路，通路处于激活状态。
胞质模式识别受体通路图示
西尼罗病毒感染巨噬细胞转录组测序数据集中基因的表达产物参与胞质模式识别受体通路，数据集中基因的表达产物在图中被紫色圈标示。图中红色背景的分子表示对应的基因表达上调，而绿色背景的分子表示对应的基因表达下调。这些基因表达上调或下调总体使胞质模式识别受体通路处于激活状态。另外，通过图示，我们可以看到这些参与胞质模式识别受体通路的蛋白的亚细胞定位及某些蛋白之间具有调控作用。
调控子miR-34a-5p的调控效应
成熟miR-34a-5p作为调控子的调控效应图示
miR-34a-5p对配体依赖性核受体PPARG、酶DLL1、激酶CDKN1A、跨膜受体ICAM1与CD47、转录调控子CCND1与ATF3，这7种蛋白表达具有抑制。miR-34a-5p通过这7个蛋白分子分别与5种生理过程有关：细胞扩展、白细胞绑定、吞噬细胞的趋化性、肌肉细胞迁移和平滑肌细胞运动。miR-34a-5p表达降低时，7个蛋白分子表达量增加，其中PPARG的表达量降低，这与Ingenuity Knowledge Base中信息相悖，在图中使用黄色钱表示。相应地，miR-34a-5p表达降低时，促进与其相关的5种生理过程。
调控子FOXM1调控网络（三阴性乳腺癌）
调控子FOXM1调控网络图示
对三阴性乳腺癌（TNBC）组织的RNA测序结果进行IPA分析，通过分析结果发现TNBC的关键基因有146个，分析这些基因的相互作用网络，进而发现转录因子FOXM1调控一个重要的网络，如图所示。FOXM1直接调控13个基因，这13个基因又直接调控其他32个关键基因。总之，FOXM1调控146个关键基因中的45个基因，FOXM1是三阴性乳腺癌的一个关键调控子。
因果网络
PRKRA作为主调控子，通过调控IRF1、IRF3、IRF7、DDX68、STAT1与EIP2Ak2，6个调控子，调控数据集中在ATP5A1、TPRD7与IFITM2等12个基因表达。另外，调控子PRKRA与白细胞激活有关。
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