16S rDNA是原核生物核糖体小亚基的组成部分,包含10个保守区域(Conserved Regions)和9个高变区域(Hypervariable Regions),其中,保守区为细菌共有,而高变区具有种属特异性,其基因序列随亲缘关系不同而有一定的差异。因此,16S rDNA可以作为揭示生物物种的特征核酸序列,是细菌系统发育和分类鉴定的指标。16S rDNA扩增子测序技术是研究环境样品中微生物群落组成结构的重要手段。
18S rDNA则是真核生物核糖体小亚基的组成部分,与16S rDNA类似,其序列中的高变序列区域能体现物种间的差异。对微生物群落进行分析时,16S rDNA主要用于原核生物多样性的鉴定,而18S rDNA则主要用于真核微生物(原生动物、藻类、真菌等)多样性的鉴定,根据研究需求的不同,可以选择不同的扩增区域进行研究。