一体机优势

应用场景

1、基于测序数据的病原体自动鉴定

适用于基于高通量测序数据的病原体组装和鉴定，包含二代测序的短读长测序方法（Illumina和BGI/MGI等）和基于单分子测序的长读长测序方法（PacBio和Nanopore等）。基于CLC Genomics Workbench 20.0，提供了主流测序仪器产生的数据分析和拼接全套模块。包括：De novo assembly (short reads); De novo assembly (long-read); Long read correction; Hybrid assembly 等方法，并可通过与参考基因组（含2019-nCoV最新序列，实时追踪更新）比对，实现病原体的自动鉴定。

2、疫情调查、病原体溯源及进化分析

在基于组装拼接模块，获得新型冠状病毒SARS-CoV-2(2019-nCoV)的全基因组序列后，可将其与已测病原菌序列进行多序列比对，构建分子进化树。同时可以挖掘低频突变，结合患者的临床表型和治疗方法进行实时追踪，从而帮助临床及科研工作者进行疫情调查、病原体溯源及进化分析。CLC Genomics Workbench 20.0可提供病原菌序列下载和数据库构建、序列比对、变异检测、SNP进化树构建，最大似然树构建等模块。

3、耐药性分析

一般药物的研发和临床验证需要较长的周期。对于靶向药物，同样需要关注基因组的快速突变带来的耐药性问题。CLC Genomics Workbench 20.0可提供耐药性分析和相关的数据库和工具，包括：

ARESdb database: 来自全球200个中心，11,000个耐药性菌株

ResFinder database: 包含3,096个耐药性相关的基因

PointFinder database: 包含4,552个耐药性相关的变异位点

ARG-ANNOT: 包含1,723条耐药性相关的的蛋白标签序列

4、QPCR定制化软件自动判读

适用于多重溶解曲线分析后的检测结果自动化判读和检测报告生成，可在5分钟内出具检测报告。

5、病原预测预警

协云基因科研团队以病毒公共序列为基础，构建了病原危害性预测预警模型，文章发表于Cell Host & Microbe，Nature Communications等期刊。此外，团队针对流感发病特点，研发的流感预测预警大数据平台自2014年在中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所上线应用以来，线上预测的准确率始终保持在90%。系统实现了庞大监测网络管理和信息共享、关联高度复杂的业务流程、疫情分析模拟早发现、疫苗株智能化筛选等功能，全面驱动了国家流行病及传染病防控的发展。

6、生物样本管理

为应对疫情工作中大量检测样本的管理需求，特整合了生物样本库系统，涵盖样本的全生命周期管理，可以实现样本试验成果、临床大数据、组学大数据相结合的数据整合、分析、深度挖掘的综合信息化平台。系统融合了生物样本实体管理、信息数据库管理，可帮助用户建立智能化、规范化、信息化的生物样本信息资源管理中心，适用于样本管理、药物研发、分子检测、数据整合共享等应用场景。