案例1、肠道微生物16s分析及IBS预测平台

MetaDP 是可以对16S rRNA测序进行分析的自动化的软件平台。包括数据质量控制、操作单元数聚类、多样性分析、以及疾病风险预测模型。同时基于MetaDP对108名儿童肠道菌群16S 测序数据的分析还建立了 对儿童肠道应急综合征的预测分析模型。MetaDP的应用不止于IBS疾病模型的预测，还可以应用到其他与肠道菌群有关的疾病，比如肥胖、代谢性疾病和肠癌的分析。

文章： MetaDP: a comprehensive web server for disease prediction of 16S rRNA metagenomic datasets[J]. Biophysics Reports, 2016, 2(5):106. DOI:10.1007/s41048-016-0033-4 PMCID: PMC5334392

案例2、环境与病原微生物检测与监控平台

环境与病原微生物引发的公共安全事件时有发生，2003年全国范围的SARS病毒、2006年四川猪链球菌疫情、2010年河南蜱虫事件、2012年山东海域赤潮爆发事件、2013年人感染H7N9禽流感疫情等都引发重大社会影响，而短时间内迅速鉴别出环境或者病原微生物的种类对于遏制事件的蔓延，消除社会恐慌具有重大意义。这要求相应的监测体系应该具有时效性、准确性和科学性多个特点。协云基因基于此项需求，通过发展有效的检测技术和监测手段，建立了一套集检测、分析、预警于一体的环境与病原微生物筛查方案。

技术优势：

※ 检测效率高。从获得样本到给出检测结果,分析时间小于24小时

※ 完善的信息化监测平台，可针对广泛的监测站点进行大规模快速部署

※ 检测通量高。范围覆盖到数万种微生物

※ 全面的病原与环境微生物数据资源库，对检测产品进行有力的信息支持

※ 预测预警功能。对微生物的变化趋势指标进行早期预测，及时发布预警信息

案例3、国家CDC流感疫苗株预测平台

国家CDC流感疫苗株预测平台是流感疫苗株预测与自动化推荐的WEB应用平台。该平台无缝集成预测预警工具，建立了流感演化规律预测模型和流感危害程度早期预测模型，实现了流感疫苗WEB自动化推荐。中国国家流感监测网络覆盖31个省市，331个地级市，2870个区县，408家网络实验室，554家哨点医院。全球超过50%的疫苗株都来自CNIC。

文章：PREDAC-H3: a user-friendly platform for antigenic surveillance of human influenza a(H3N2) virus based on hemagglutinin sequences. Bioinformatics. 2016 Aug 15;32(16):2526-7.