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扩增子和宏基因组技术都是从样品中的总DNA出发进行的研究，避免了对微生物进行分离纯化和培养，提供了对样品中的暗物质进行研究的新技术。在扩增子技术中，其主要对微生物DNA上的某一段区域，如16S V3/ V4/ V3-V4，18S V4，ITS1/ITS2等进行扩增、测序和分析；而在宏基因组技术中，则会使用样品中的所有微生物基因组DNA进行研究，并完成后续一系列数据处理和挖掘。相比于基于扩增子测序的研究方法，基于全部DNA测序的宏基因组研究方法可以更全面的分析微生物的物种、基因和功能组成，不仅能够告诉我们在样品中“谁在那里”，还能够告诉我们“它们在干什么”。
宏基因组学可以全面解读微生物群体的多样性和丰度，探索微生物之间以及与环境及宿主之间的关系，发现和研究新的具有特定功能的基因等。由于宏基因组学的研究对象是特定环境中的总DNA，不需要对微生物进行分离培养和纯化，这对我们发现难培养或不可培养微生物提供了一条新的途径。目前，微生物宏基因组学已经成为微生物研究的热点和前沿，广泛应用于气候变化、水处理工程系统、极端环境、人体微环境（如肠道、口腔、生殖道、皮肤等）与健康、石油污染修复和生物冶金等领域, 取得了一系列引人瞩目的重要成果。
| 样品类型 | 样品质量要求 | 寄送要求 |
| DNA样品 | 样本起始量（单次）：≥ 1μg/样品 | 短时间（24h内）保存或运输可以使用冰袋；长时间（72h内）运输建议采用干冰加冰袋的方式。样本保存期间切忌反复冻融。 |
| 样本浓度： ≥ 20 ng/uL | ||
| 样本纯度：OD260/280为1.8-2.0并确保DNA 无降解 |
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