根据各个样品中unique基因的数目分布情况，绘制组间基因数目差异箱图并进行统计学检验，通过箱图来反映不同分组中基因数目的分布差异。

根据各个样品在不同分类层级上的相对丰度分析结果，可以得知样品在各分类水平上的物种组成比例情况，并通过三层扇形图来反映样品在不同分类学水平上的群落结构及差异。

肠型被定义为“聚焦在高维空间里的微生物组特征，是有限的宿主-微生物共生稳态时的微生物群落结构”。根据各个样本中微生物丰度分布，对样本进行肠型划分，可以根据肠型划分情况明确饮食、年龄、疾病状态等因素对肠道菌群多样性的贡献，从而更加准确的挖掘与疾病相关的肠道微生物。

肠道微生物不仅在菌种层面上多种多样，而且同种细菌不同菌株的基因或基因拷贝数存在很大差异，这造成细菌功能的巨大差异，如耐药、毒力等等，这些因素决定菌株对宿主健康的影响。通过挖掘各个样本中功能基因簇以及基因簇的拷贝数的变化，比较不同样本间关键功能的基因及基因拷贝数的差异。